Η αξιολόγηση των σπουδαστών για τα οκτώ διδασκόμενα μαθήματα γίνεται κυρίως με γραπτές εξετάσεις, εργασίες και παρουσίαση αυτών (power-point) κατά την διάρκεια του εξαμήνου καθώς και με εργαστηριακές ασκήσεις. Για τη διαμόρφωση του τελικού βαθμού συνυπολογίζονται όλες οι δραστηριότητες που γίνονται στα πλαίσια  του μαθήματος. 

Μετά το πέρας των διαλέξεων σε κάθε εξάμηνο διεξάγονται οι γραπτές εξετάσεις. Τα θέματα μπορούν να είναι σε μορφή ερώτησης ανάπτυξης, κρίσεως, πολλαπλής επιλογής, αντιστοίχισης, συμπλήρωσης κενού.

Η αξιολόγηση για συγκεκριμένες κατηγορίες φοιτητών με ιδιαίτερα προβλήματα, πραγματοποιείται με ευέλικτες μαθησιακές μεθόδους προκειμένου αυτοί να αντιμετωπίζονται ανάλογα, μετά από απόφαση της συντονιστικής επιτροπής του προγράμματος. Επαναληπτικές εξετάσεις στην ίδια εξεταστική προβλέπονται σε έκτακτες περιπτώσεις (π.χ. ασθένεια).

Εξαιτίας της πληθώρας των εξεταστών προκειμένου να αποφευχθούν λάθη κατά τη διαδικασία της διόρθωσης των γραπτών και προς διασφάλιση της αποτελεσματικότητας και της ταχύτητας της βαθμολόγησης η διαδικασία έχει διαμορφωθεί ως εξής:

1. Τα θέματα για κάθε διορθωτή γράφονται και διορθώνονται σε ξεχωριστή κόλλα. 
2. Η βαθμολόγηση των θεμάτων από τον κάθε διορθωτή γίνεται διαδικτυακά, σε συγκεκριμένο link, και υπολογίζεται αυτόματα ο μέσος όρος.  Η τελική βαθμολογία επικυρώνεται από τον υπεύθυνο καθηγητή (Μέλος ΔΕΠ) του μαθήματος.
3. Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ εκτός τμήματος Φαρμακευτικής διορθώνουν οι ίδιοι τα θέματα τους.
4. Διδάσκοντες-εξωτερικοί συνεργάτες από την βιομηχανία ή άλλους Φορείς (πχ ΕΟΦ) εισηγούνται θέματα σχετικά με το πεδίο διδασκαλίας τους. Η διόρθωση των θεμάτων γίνεται από τον υπεύθυνο καθηγητή του μαθήματος (Μέλος ΔΕΠ) σύμφωνα με την υποδεικνυόμενη απάντηση και την επικουρική βοήθεια  του συνεργάτη, όταν και αν κριθεί απαραίτητη από τον υπεύθυνο.
5. Οι βαθμοί των εξετάσεων δεν στρογγυλοποιούνται αλλά αναγράφονται επακριβώς συμπεριλαμβανομένου και του δεκαδικού ψηφίου.
6. Οι βαθμολογίες στέλνονται στην γραμματεία και έπειτα αναρτώνται στο site του ΠΜΣ προς ενημέρωση των φοιτητών.