Στο τέλος του πρώτου εξαμήνου τα μέλη ΔΕΠ ενημερώνουν για τον αριθμό των μεταπτυχιακών φοιτητών που μπορούν να απασχολήσουν και ορίζουν τα θέματα των διπλωματικών. Ο μέγιστος αριθμός θέσεων είναι τρία (3) άτομα ανά διδάσκοντα (εκτός εξαιρέσεων).

Μετά το πέρας των εξετάσεων του 1ου εξαμήνου κάθε σπουδαστής καταθέτει τρεις επιλογές επιβλέποντα (κατά σειρά προτίμησης) . Ο/Η διευθυντής /ντρια του ΠΜΣ και σε συνεργασία με τα μέλη ΔΕΠ καθορίζει τους επιβλέποντες, λαμβάνοντας υπόψη: α) την πρόοδο των φοιτητών αφού o μεταπτυχιακός φοιτητής με τη μεγαλύτερη βαθμολογία (πρώτου εξαμήνου) έχει πρώτος την δυνατότητα να επιλέξει τον επιβλέποντα που επιθυμεί β)απαραίτητη προϋπόθεση για την ανάληψη καθηκόντων επίβλεψης διπλωματικής είναι αντίστοιχα ο επιβλέποντας να αποδεχθεί τον φοιτητή .

Ακολούθως ο φοιτητής υποβάλλει αίτηση στην γραμματεία του Τμήματος στην οποία αναγράφονται ο προτεινόμενος τίτλος της διπλωματικής του εργασίας, ο επιβλέπων και η Τριμελή Εξεταστική Επιτροπή (συμπεριλαμβανομένου και του επιβλέποντος). Τα μέλη της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής πρέπει να έχουν την ίδια ή συναφή επιστημονική ειδικότητα με το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ. Η επικύρωση της διαδικασίας γίνεται από την Γενική συνέλευση του Τμήματος και ολοκληρώνεται μέχρι το τέλος του δεύτερου εξαμήνου. 

Για την ειδική ομάδα των Μεταπτυχιακών φοιτητών, που απασχολούνται στη Βιομηχανία, θα πρέπει κατά την εγγραφή τους να έχουν εξασφαλίσει την δυνατότητα εκπόνησης της διπλωματικής τους εργασίας στον επαγγελματικό τους χώρο. Πιο συγκεκριμένα οι φοιτητές αυτοί εκπονούν τη διπλωματική τους, υπό την επίβλεψη ενός μέλους ΔΕΠ (από τους διδάσκοντες του ΠΜΣ) και ενός υπεύθυνου (κατόχου μεταπτυχιακού διπλώματος ή διδακτορικού) από τον χώρο εργασίας τους. Τα δυο άλλα μέλη της τριμελούς επιτροπής ορίζονται όπως ορίζει ο νόμος για τις μεταπτυχιακές σπουδές. 

Κατά την διάρκεια εκπόνησης της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας και σε εξαιρετικές περιπτώσεις, είναι δυνατή η αντικατάσταση του επιβλέποντα ή μέλους της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής (μετά από απόφαση της Συνέλευσης του οικείου Τμήματος) αν υφίσταται αντικειμενική αδυναμία ή σπουδαίος λόγος (π.χ. παραίτηση, ασθένεια κ.λ.π.).

Η ολοκλήρωση της εκπόνησης και της συγγραφής της μεταπτυχιακής εργασίας γίνεται μετά το τέλος του δευτέρου εξαμήνου. Ωστόσο, δίνεται η δυνατότητα χρήσης του δικαιώματος παράτασης σπουδών του φοιτητή μετά από αίτηση του στη Συντονιστική Επιτροπή και κατόπιν αιτιολογημένης απόφασης από την Γενική Συνέλευση του Τμήματος. Η παράταση σπουδών σύμφωνα με τον κανονισμό μπορεί να χορηγηθεί μέχρι ένα έτος ενώ συνολικά η διάρκεια σπουδών καθορίζεται στα έξι (6) εξάμηνα συμπεριλαμβανομένων των τριών (3) εξαμήνων κανονικής φοίτησης.

Λεπτομέρειες σύνταξης της διπλωματικής εργασίας καθώς και κανόνες της Ακαδημαϊκής και ερευνητικής δεοντολογίας αναφέρονται με λεπτομέρεια στο Κανονισμό Εκπόνηση και Σύνταξη Διπλωματικής Εργασίας και στο Κανονισμό δεοντολογίας της έρευνας αντίστοιχα.

Μετά την αποπεράτωση εκπόνησης της διπλωματικής, ακολουθεί η προφορική παρουσίαση της εργασίας και η εξέταση από την τριμελή εξεταστική επιτροπή. Η παρουσίαση της από τον φοιτητή υποστηρίζεται ενώπιον ακροατηρίου το οποία καλείται να παρευρεθεί (κατόπιν πρόσκλησης) σε συγκεκριμένη ημερομηνία και τόπο που ορίζεται από τη Σ.Ε.